Mahiro Yasaka n'est qu'un lycéen ordinaire, jusqu'au jour où il est soudainement attaqué par un monstre dangereux. Alors que tout semble perdu, il est sauvé par une jeune fille aux cheveux argentés nommée Nyaruko, qui prétend être la divinité métamorphe Nyarlathotep, issue du Mythe de Cthulhu de l'auteur d'horreur H. P. Lovecraft, envoyée sur Terre par l'Agence de Défense Spatiale. Elle explique à

Mahiro Yasaka n'est qu'un lycéen ordinaire, jusqu'au jour où il est soudainement attaqué par un monstre dangereux. Alors que tout semble perdu, il est sauvé par une jeune fille aux cheveux argentés nommée Nyaruko, qui prétend être la divinité métamorphe Nyarlathotep, issue du Mythe de Cthulhu de l'auteur d'horreur H. P. Lovecraft, envoyée sur Terre par l'Agence de Défense Spatiale. Elle explique à Mahiro que la créature qui le pourchassait était un alien appelé Nightgaunt, qui avait prévu de le kidnapper et de le vendre comme esclave. Après l'avoir sauvé de l'alien, la divinité lovecraftienne tombe éperdument amoureuse de Mahiro et s'impose dans son foyer, à son grand dam. De plus, ils sont bientôt rejoints par deux autres personnages issus de l'univers fictif : Cthuko, une jeune fille obsédée par Nyaruko, et Hasuta, un jeune garçon facilement confondu avec une belle jeune fille. Ensemble, ces trois aliens excentriques protègent Mahiro des divers dangers extraterrestres qui menacent son bien-être ainsi que celui de la Terre, tout en faisant de sa vie un véritable enfer.