L'histoire tourne autour de Nyarlko, une divinité primordiale informe de Cthulhu capable de prendre n'importe quelle forme, mais elle choisit particulièrement celle d'une jeune fille aux cheveux argentés, en apparence ordinaire. Mahiro Yasaka est un lycéen normal qui est poursuivi par des extraterrestres une nuit, jusqu'à ce que « Nyarlko » vienne le sauver.