Rantaro, Kirimaru et Shinbei sont loin d'être d'excellents ninjas. S'entraînant dans une académie d'élite de ninjutsu au Japon historique, ils sont accompagnés de leurs amis pleins d'humour, de maîtres ninjas et de ninjas apprentis très populaires. Rantaro et ses copains ninjas en formation sont appelés des « nintama » — une combinaison de « ninja » et « tamago » (œuf). L'histoire du film commence

Rantaro, Kirimaru et Shinbei sont loin d'être d'excellents ninjas. S'entraînant dans une académie d'élite de ninjutsu au Japon historique, ils sont accompagnés de leurs amis pleins d'humour, de maîtres ninjas et de ninjas apprentis très populaires. Rantaro et ses copains ninjas en formation sont appelés des « nintama » — une combinaison de « ninja » et « tamago » (œuf). L'histoire du film commence lorsque Doi-sensei disparaît après avoir été défié en duel par Moroizumi Sonnamon, un ninja tasogaredoki. Pendant que Yamada-sensei et les élèves de sixième année de l'Académie de Ninjutsu recherchent Doi-sensei, un homme vêtu de blanc apparaît soudainement à l'Académie !