Synopsis

En 1973, suite à la guerre lunaire qui a duré six longues et sanglantes années, les BETA, une espèce extraterrestre hostile — pour « Beings of Extra Terrestrial origin which are Adversary » —, ont envahi la Terre, tuant des milliards d'êtres humains et décimant l'Eurasie. Bien que les BETA puissent être détruits par des armes conventionnelles, leurs armes laser sont capables d'anéantir des flottes aériennes entières, forçant l'humanité à développer des armures de combat géantes appelées Tactical Surface Fighters (TSF) pour les combattre. Lorsque les BETA atteignent le Japon en 1998, Yui Takamura, élève dans une école militaire et pilote de TSF — ou eishi —, reçoit l'ordre de défendre la dernière ligne de défense de Kyoto avec ses camarades. Au prix de vies humaines innombrables et du sacrifice des amis de Yui, l'Armée impériale japonaise parvient à repousser les envahisseurs, laissant derrière elle une dévastation considérable. Cependant, cette rencontre rend Yui déterminée à ne plus jamais laisser un tel événement se reproduire. Trois ans plus tard, devenue lieutenant, Yui rejoint le projet XFJ, un programme de développement de TSF nippo-américain basé en Alaska. Au sein d'une équipe internationale composée du pilote d'essai nippo-américain peu coopératif, Yuuya Bridges, et de divers eishi issus de pays perdus face aux BETA, la mission de Yui est d'aider à développer le nouveau TSF japonais, le Shiranui. Sur fond de tensions politiques héritées de la Guerre Froide, Muv-Luv Alternative: Total Eclipse suit la mission délicate de Yui et le parcours de Yuuya pour surmonter les démons du passé qui le hantent encore.