L'histoire de Mushi-uta se déroule dans un futur proche. Dix ans avant le début du récit, d'étranges créatures semblables à des insectes, connues sous le nom de « Mushi », ont commencé à apparaître. Les Mushi sont capables de consommer les rêves et les pensées des gens en échange de pouvoirs surnaturels. À la fin du premier épisode, le protagoniste Daisuke « Kakkou » Kusuriya rencontre une jeune f

L'histoire de Mushi-uta se déroule dans un futur proche. Dix ans avant le début du récit, d'étranges créatures semblables à des insectes, connues sous le nom de « Mushi », ont commencé à apparaître. Les Mushi sont capables de consommer les rêves et les pensées des gens en échange de pouvoirs surnaturels. À la fin du premier épisode, le protagoniste Daisuke « Kakkou » Kusuriya rencontre une jeune fille nommée Shiika Anmoto. Les deux, avec le temps, deviennent très proches. Cependant, à l'insu de Kakkou, Shiika est une évadée d'une prison secrète connue sous le nom de GARDEN, où sont détenus ceux qui sont possédés par les Mushi, appelés les Mushitsuki. La force militaire de GARDEN, le Special Environmental Conservation Executive Office, dépêche son meilleur tueur pour traquer Shiika. Cependant, ils se heurtent à la résistance de l'organisation de résistance Mushibane, dirigée par la mystérieuse « Ladybird ».