Le film commence avec Fuyuki Hinata et le Bataillon Keroro explorant un temple abandonné dans la cité montagneuse de Machu Picchu, au Pérou. Pendant leur exploration, Keroro déclenche accidentellement un piège, et par hasard, ils découvrent une chambre cachée avec un grand cristal bleu en son centre, sur un socle où se trouve une clé. Keroro s'appuie sur la clé, provoquant l'activation d'une mysté

Le film commence avec Fuyuki Hinata et le Bataillon Keroro explorant un temple abandonné dans la cité montagneuse de Machu Picchu, au Pérou. Pendant leur exploration, Keroro déclenche accidentellement un piège, et par hasard, ils découvrent une chambre cachée avec un grand cristal bleu en son centre, sur un socle où se trouve une clé. Keroro s'appuie sur la clé, provoquant l'activation d'une mystérieuse machine dans la pièce, ce qui fait trembler tout le temple. Dès que le groupe comprend ce qui se passe, ils s'enfuient de la pièce. En courant, Keroro perd accidentellement sa Kero Ball tandis que Fuyuki aperçoit brièvement une jeune femme brillante alors qu'il s'échappe, et dit à Keroro qu'il y avait une fille dans la pièce, mais il est forcé de quitter la chambre avant de pouvoir en dire plus. Le groupe s'échappe avec succès, tandis que la fille (qui fait maintenant pousser une paire d'ailes lumineuses) les regarde partir — pendant qu'à l'intérieur de la chambre, quelque chose grandit dans le cristal...