Après une bataille désespérée et de nombreuses pertes, les humains parviennent enfin à occire Godzilla — le monstre qui avait forcé l'humanité à fuir la Terre vingt mille ans auparavant. Mais la créature que les troupes de Haruo Sakaki ont tuée n'était pas seule ; un autre Godzilla existait encore sur Terre, attendant d'être vaincu. Gravement blessé du premier conflit, Sakaki se réveille chez une

Après une bataille désespérée et de nombreuses pertes, les humains parviennent enfin à occire Godzilla — le monstre qui avait forcé l'humanité à fuir la Terre vingt mille ans auparavant. Mais la créature que les troupes de Haruo Sakaki ont tuée n'était pas seule ; un autre Godzilla existait encore sur Terre, attendant d'être vaincu. Gravement blessé du premier conflit, Sakaki se réveille chez une jeune fille membre de la tribu Houtua. Présentant une ressemblance troublante avec les humains, les Houtua se sont adaptés pour survivre au climat modifié de la planète, longtemps abandonnée. La plupart de leurs ressources étant épuisées, les membres restants des forces spéciales de Sakaki luttent avec la décision d'abandonner leur mission et leur planète d'origine ou de mener un combat improbable. L'espoir n'est cependant pas complètement perdu, car les membres de la race extraterrestre des Bilusaludo découvrent des vestiges de leur arme anti-Godzilla, Mechagodzilla. Même avec cette puissante arme dans leur arsenal, la victoire semble impossible à atteindre : Godzilla a passé tout ce temps à évoluer et à se préparer à vaincre quiconque oserait contester sa supériorité.