Après la destruction apparemment définitive du Chef X à la fin de Gatchaman II, un fragment de lui qui a survécu grandit et mute en Z. Avec le chef de la famille Egobossler, le Comte Egobossler (et ses deux subordonnés Mechandol et Kempler), Z est résolu à détruire la Terre, et le Combat d'Équipe des Ninjas Scientifiques, une fois de plus. Au lendemain de la mort d'Anderson, le Dr Nambu est deven

Après la destruction apparemment définitive du Chef X à la fin de Gatchaman II, un fragment de lui qui a survécu grandit et mute en Z. Avec le chef de la famille Egobossler, le Comte Egobossler (et ses deux subordonnés Mechandol et Kempler), Z est résolu à détruire la Terre, et le Combat d'Équipe des Ninjas Scientifiques, une fois de plus. Au lendemain de la mort d'Anderson, le Dr Nambu est devenu le nouveau chef de l'ISO, tandis que l'équipe est désormais confinée dans la base sous-marine de Gallatown (alias « G-Town »). L'ingénieur Kamo est présenté, et après la destruction du nouveau GodPhoenix au début, l'équipe reçoit le nouveau Gatchaspartan comme mecha. Le Gatchaspartan possède également un mode spécial, appelé Hypershoot, qui ne peut être utilisé que par Ken (avec sa nouvelle épée « Gatchafencer »). Au fur et à mesure que la série progresse, on apprend que l'exposition aux radiations dues à l'utilisation constante de l'Hypershoot tue lentement Ken, et que son utilisation continue signifierait la mort. Pendant ce temps, Z prévoit de détruire la Terre avec un astéroïde d'antimatière, nommé « Poison Apple ».