Deux ans après la défaite de Galactor et la mort apparente du Condor Joe, un navire de croisière est attaqué par Leader X, qui tue la quasi-totalité des passagers. Une des survivantes, une jeune fille, est capturée par X et rapidement vieillit pour devenir la nouvelle et bizarre méchante à la voix masculine, Gel Sadra. Bien qu'elle ait l'apparence d'une adulte, Gel Sadra n'hésite pas à faire des c

Deux ans après la défaite de Galactor et la mort apparente du Condor Joe, un navire de croisière est attaqué par Leader X, qui tue la quasi-totalité des passagers. Une des survivantes, une jeune fille, est capturée par X et rapidement vieillit pour devenir la nouvelle et bizarre méchante à la voix masculine, Gel Sadra. Bien qu'elle ait l'apparence d'une adulte, Gel Sadra n'hésite pas à faire des crises de colère enfantines et à se comporter de manière immature. Au milieu de la résurrection de Galactor, l'équipe des Ninjas de la Science est rappelée en action, avec un homme louche connu sous le nom de Hawk Getz qui remplace Joe. Getz se révèle rapidement être un agent de Galactor déguisé (et qui a tué le vrai Getz qui devait les rejoindre), et finit par être tué par un mystérieux shuriken en plume. Après des indices disséminés dans les trois premiers épisodes, Joe réapparaît dans le quatrième épisode, ayant miraculeusement survécu à ses blessures mortelles de la fin de la première série, et rejoint l'équipe. Il est plus tard révélé qu'il a été secouru par un ancien scientifique de Galactor au bord de la mort, et qu'il a fait l'objet de diverses augmentations cybernétiques. Plus tard dans la série, une scientifique nommée Dr. Pandora est introduite. Elle a perdu son mari et sa fille dans la catastrophe du navire de croisière. Sans qu'elle le sache, sa fille Sammie a survécu et n'est autre que Gel Sadra.