Le jeu se déroule dans un futur lointain, dans une dimension parallèle nommée Cosmic Ark. Il existe une race de robots gigantesques, les Arks, longtemps dormants, qui se sont soudainement réveillés pour découvrir que leur galaxie est gouvernée par le maléfique Chaos. Ayant été inactifs pendant des éons, les trois grands Arks restants, ceux de la Sagesse, du Courage et de la Force, ont vu leur éner

Le jeu se déroule dans un futur lointain, dans une dimension parallèle nommée Cosmic Ark. Il existe une race de robots gigantesques, les Arks, longtemps dormants, qui se sont soudainement réveillés pour découvrir que leur galaxie est gouvernée par le maléfique Chaos. Ayant été inactifs pendant des éons, les trois grands Arks restants, ceux de la Sagesse, du Courage et de la Force, ont vu leur énergie s'épuiser. Il ne reste désormais assez d'énergie que pour en ranimer un seul, lui conférant le pouvoir de vaincre le maléfique Chaos. Pour y parvenir, trois Unions distinctes de disciples de chacun des grands Arks se sont formées, chacune rivalisant pour la résurrection de son Ark respectif, et par conséquent, pour la défaite du Chaos et le destin du monde. Outre cette histoire principale, le jeu présente plusieurs récits secondaires de personnages. On retrouve par exemple le passé de Crimrose et Ivis, l'histoire d'Eihwaz, ou encore la rencontre entre Eris et Resha, entre autres.