« Le Berger », une légende urbaine de l'Académie Shiomi, apparaîtrait aux élèves studieux pour exaucer leurs vœux. Alors qu'il est plongé dans un livre au sein de la célèbre Grande Bibliothèque de l'école, Kyoutarou Kakei, élève de seconde et président autoproclamé du Club de Bibliothèque, reçoit un e-mail du Berger annonçant un événement qui changera son destin. Inquiet par ce message, Kyoutarou

« Le Berger », une légende urbaine de l'Académie Shiomi, apparaîtrait aux élèves studieux pour exaucer leurs vœux. Alors qu'il est plongé dans un livre au sein de la célèbre Grande Bibliothèque de l'école, Kyoutarou Kakei, élève de seconde et président autoproclamé du Club de Bibliothèque, reçoit un e-mail du Berger annonçant un événement qui changera son destin. Inquiet par ce message, Kyoutarou se précipite à la gare la plus proche et y croise Tsugumi Shirasaki, une autre élève qu'il sauve de justesse d'un train déraillé. Reconnaissante pour son acte héroïque, Tsugumi rejoint le Club de Bibliothèque et invite Kyoutarou à participer à son mystérieux « Projet Bonheur Shiomi ». Avec les autres nouveaux membres du club, ils s'efforcent d'améliorer leur académie et de découvrir l'identité de l'énigmatique Berger.