Le sous-lieutenant Kei Agemaki, fils d'un général célèbre, a toute sa vie caché sa peur extrême des êtres paranormaux. Cependant, lorsqu'il est muté avec deux autres pour vivre et travailler aux côtés de yōkai au Ministère des Affaires spirituelles, il est confronté à son pire cauchemar. Avec l'aide de la renarde spirituelle Kushimatsu, lui et ses collègues officiers doivent apprendre à travailler

Le sous-lieutenant Kei Agemaki, fils d'un général célèbre, a toute sa vie caché sa peur extrême des êtres paranormaux. Cependant, lorsqu'il est muté avec deux autres pour vivre et travailler aux côtés de yōkai au Ministère des Affaires spirituelles, il est confronté à son pire cauchemar. Avec l'aide de la renarde spirituelle Kushimatsu, lui et ses collègues officiers doivent apprendre à travailler aux côtés de jeunes filles yōkai — Zakuro, Susukihotaru, Hoozuki et Bonbori — pour résoudre des affaires paranormales. Se déroulant au milieu d'une version alternative de la westernisation japonaise, Otome Yōkai Zakuro explore les confrontations et les unions qui peuvent survenir lorsque l'Orient rencontre l'Occident, le local leétranger, et les femmes les hommes. L'alliance inhabituelle des jeunes filles yōkai et des officiers humains doit apprendre à travailler ensemble dans un monde qui change autour d'elles.