Yuusei Fudou cherche à récupérer ce qui lui a été volé. Le monde des duels a évolué, les Riding Duels étant le summum du divertissement pour les habitants de Neo Domino City. Ils se jouent sur des D-Wheels, un hybride entre les Duel Disks et les motos. Après que Yuusei, doué en mécanique, soit parvenu à construire sa propre D-Wheel, son ancien ami Jack Atlas la lui a volée, ainsi que sa meilleure

Yuusei Fudou cherche à récupérer ce qui lui a été volé. Le monde des duels a évolué, les Riding Duels étant le summum du divertissement pour les habitants de Neo Domino City. Ils se jouent sur des D-Wheels, un hybride entre les Duel Disks et les motos. Après que Yuusei, doué en mécanique, soit parvenu à construire sa propre D-Wheel, son ancien ami Jack Atlas la lui a volée, ainsi que sa meilleure carte, Stardust Dragon ; quittant leur ville natale délabrée, Satellite, il s'est enfui à Neo Domino City. Depuis deux ans, Jack est au sommet du monde du duel, tandis que Yuusei se prépare grâce à l'aide de ses amis. Sa nouvelle D-Wheel terminée, il part maintenant pour Neo Domino City, son seul objectif étant de retrouver Jack. Ni l'un ni l'autre ne se doute que des enjeux bien plus importants sont en jeu qu'ils ne peuvent l'imaginer, avec des marionnettistes tirant les ficelles en coulisses.