L'histoire du film commence lorsqu'Arata touche accidentellement « Hermès Apocrypha », le Grimoire de Lilith. Soudain, il est enveloppé d'une vive lumière blanche et une fille apparaît devant lui. Elle s'appelle Lilim et considère Arata et Lilith comme ses parents. Au moment de son apparition, quelque chose change dans le monde. La Bibliothèque Éternelle, interdite, s'éveille. Dans la Bibliothèque

L'histoire du film commence lorsqu'Arata touche accidentellement « Hermès Apocrypha », le Grimoire de Lilith. Soudain, il est enveloppé d'une vive lumière blanche et une fille apparaît devant lui. Elle s'appelle Lilim et considère Arata et Lilith comme ses parents. Au moment de son apparition, quelque chose change dans le monde. La Bibliothèque Éternelle, interdite, s'éveille. Dans la Bibliothèque est scellé l'ultime aboutissement de l'alchimie, le Seigneur Démon Blanc. Le Seigneur Démon Blanc projette d'éliminer Arata et la Trinity Seven pour usurper le poste de Seigneur Démon. Vibrant d'une puissance inouïe, le Seigneur Démon Blanc attaque Arata, déclenchant une crise désespérée où Arata et la Trinity Seven doivent sauver le monde dans cette bataille finale.