Au cœur des montagnes d'Ararat en Turquie, une organisation secrète nommée ARCAM a découvert ce qui serait l'Arche de Noé. Cependant, les U.S. Machine Corps., une organisation renégate du Pentagone, veut s'emparer de l'Arche pour asseoir sa suprématie mondiale. Seul un agent spécial d'ARCAM, connu sous le nom de Spriggan, se dresse sur leur chemin. Le Spriggan japonais Yu Ominae fait équipe avec l

Au cœur des montagnes d'Ararat en Turquie, une organisation secrète nommée ARCAM a découvert ce qui serait l'Arche de Noé. Cependant, les U.S. Machine Corps., une organisation renégate du Pentagone, veut s'emparer de l'Arche pour asseoir sa suprématie mondiale. Seul un agent spécial d'ARCAM, connu sous le nom de Spriggan, se dresse sur leur chemin. Le Spriggan japonais Yu Ominae fait équipe avec le Spriggan français Jean-Jacques Mondo pour combattre les membres des U.S. Machine Corps. menés par le Colonel MacDougall, un garçon génétiquement amélioré doté de pouvoirs psychiques mortels. Cependant, ils doivent agir vite et arrêter MacDougall avant qu'il n'utilise l'Arche à ses propres fins.