Bien avant l'ère de l'homme préhistorique, une espèce extraterrestre avancée habitait la Terre. Négligeant le pouvoir qu'ils détenaient, ces êtres ont finalement causé leur propre perte. Cependant, les extraterrestres ont laissé un avertissement aux futures civilisations sur des tablettes indestructibles : détruire tout vestige de la technologie ruineuse créée par leur espèce. À l'époque moderne,

Bien avant l'ère de l'homme préhistorique, une espèce extraterrestre avancée habitait la Terre. Négligeant le pouvoir qu'ils détenaient, ces êtres ont finalement causé leur propre perte. Cependant, les extraterrestres ont laissé un avertissement aux futures civilisations sur des tablettes indestructibles : détruire tout vestige de la technologie ruineuse créée par leur espèce. À l'époque moderne, la ARCAM Corporation et leur unité paramilitaire, les Spriggans, cherchent à sceller les reliques et à empêcher des acteurs renégats d'exploiter leurs pouvoirs. Suite à la récente découverte d'ARCAM dans les montagnes de l'Ararat de ce qui est considéré comme la mythique Arche de Noé, le Spriggan Yuu Ominae a été dépêché pour enquêter. Cependant, le site est pris d'assaut par l'US Machine Corps, une faction radicale du Département de la Défense dirigée par le Colonel MacDougall. Sur ordre du Pentagone, MacDougall cherche à s'emparer du scientifique principal d'ARCAM et à s'approprier l'artefact. En équipe avec son collègue Spriggan, Jean Jacquemondo, Yuu doit empêcher MacDougall et les soldats d'élite du Machine Corps d'avancer sur l'Arche avant qu'il ne soit trop tard.