Trill, un mystérieux Navi dont l'origine proviendrait du monde de Beyondard, est découvert. De nouveaux ennemis de type bêtes, les Zoanoroids, le convoitent pour son pouvoir spécial. Netto Hikari et Rockman doivent protéger leur nouvel ami tout en essayant de comprendre la véritable nature de Trill et son lien avec les deux légendaires bêtes cybernétiques, Grega et Faltzer.