Ayato Kamina fut séparé de la fille qu'il aimait, Haruka Mishima, lors d'un événement qui laissa croire que tous ceux se trouvant à l'extérieur de Tokyo avaient péri. Mais trois ans plus tard, des envahisseurs attaquent soudainement la ville. C'est alors qu'il rencontre Haruka Shitow, une agente de TERRA, qui lui promet de lui révéler la vérité sur le monde. C'est le début d'une série d'événements

Ayato Kamina fut séparé de la fille qu'il aimait, Haruka Mishima, lors d'un événement qui laissa croire que tous ceux se trouvant à l'extérieur de Tokyo avaient péri. Mais trois ans plus tard, des envahisseurs attaquent soudainement la ville. C'est alors qu'il rencontre Haruka Shitow, une agente de TERRA, qui lui promet de lui révéler la vérité sur le monde. C'est le début d'une série d'événements étranges, qui le mèneront à activer un mecha géant, le RahXephon, et à découvrir que de nombreuses personnes, y compris sa propre mère, ont du sang bleu, et qu'il vivait en réalité dans une dimension auto-contenue où le temps s'écoule plus lentement que dans le monde extérieur.