My-Otome Zwei se déroule un an après les événements de My-Otome. Arika est désormais une Otome à part entière (bien qu'encore sous la tutelle de Miss Maria) et Nagi est incarcéré dans une prison quelque part en Aries. Les diverses nations sont en paix les unes avec les autres et prévoient de tenir les S.O.L.T. (Strategic Otome Limitation Talks) pour discuter de la limitation du nombre d'Otome. Un

My-Otome Zwei se déroule un an après les événements de My-Otome. Arika est désormais une Otome à part entière (bien qu'encore sous la tutelle de Miss Maria) et Nagi est incarcéré dans une prison quelque part en Aries. Les diverses nations sont en paix les unes avec les autres et prévoient de tenir les S.O.L.T. (Strategic Otome Limitation Talks) pour discuter de la limitation du nombre d'Otome. Une mission visant à détruire un météore menaçant d'entrer en collision avec Earl déclenche une série d'événements qui aboutissent à l'attaque de Garderobe et de plusieurs Otome par une mystérieuse silhouette sombre, ainsi qu'à l'apparition d'une nouvelle version plus puissante de Slave sur toute la planète. Pour ne rien arranger, la reine Mashiro disparaît suite à une dispute avec Arika. La série suit la recherche de Mashiro par Arika, ainsi que les tentatives de Garderobe pour découvrir la vérité derrière cette silhouette sombre.