Dans cette deuxième saison, l'histoire reprend exactement là où elle s'était arrêtée. La cave de fermentation et le laboratoire du Professeur Itsuki sont prêts à fonctionner, et avec le don unique de Sawaki Tadayasu, qui peut voir et communiquer avec les microbes, le groupe hétéroclite d'élèves d'Itsuki commence à transformer différents produits fermentés comme la sauce soja et le saké.