Magician's Academy suit la vie de Takuto Hasegawa, élève dans une académie de magie qui n'apparaît sur aucune carte. Lors d'un examen de sort de convocation, il invoque accidentellement une jeune fille nommée Tanarotte. Celle-ci possède un pouvoir magique suffisant pour détruire son pays, mais par chance, Tanarotte jure une loyauté éternelle (et un amour) à son « créateur ».