Synopsis

Après une évasion audacieuse du Musée de la Mémoire, Sayaka Miki retourne à Mitakihara City avec des nouvelles inquiétantes. Troublée par ce qu'elle a appris, Sayaka révèle à Madoka Kaname et Homura Akemi où se trouve Mami Tomoe—mais plus important encore—la vérité troublante derrière l'existence des magical girls. Malgré la connaissance du cruel destin qui les attend, les trois décident rapidement de travailler ensemble et de sauver Mami une fois pour toutes. Pendant ce temps, dans la ville de Kamihama, Yachiyo Nanami traque diverses « rumeurs » à la recherche de l'Hôtel Fendt Hope, le quartier général des Wings of Magius. L'organisation de magical girls est le seul indice de Yachiyo pour retrouver Iroha Tamaki, dont la disparition reste enveloppée d'incertitude. Déterminée à réunir l'équipe de Mikazuki Villa, Yachiyo jure de détruire les Wings of Magius et de mettre fin à leurs plans insidieux. Au milieu de ces situations tumultueuses, une menace calamiteuse s'approche, présentant un conflit désastreux qui risque de mettre en péril le monde entier.