Dans un futur mystérieux, des organismes cristallins nommés Gems habitent un monde détruit par six météores. Chaque Gem s'est vu assigner un rôle afin de combattre les Lunarians, une espèce qui les attaque pour briser leurs corps et les utiliser comme décorations. Phosphophyllite, également connue sous le nom de Phos, est une jeune Gem fragile qui rêve d'aider ses amis dans l'effort de guerre. Au

Dans un futur mystérieux, des organismes cristallins nommés Gems habitent un monde détruit par six météores. Chaque Gem s'est vu assigner un rôle afin de combattre les Lunarians, une espèce qui les attaque pour briser leurs corps et les utiliser comme décorations. Phosphophyllite, également connue sous le nom de Phos, est une jeune Gem fragile qui rêve d'aider ses amis dans l'effort de guerre. Au lieu de cela, on lui confie la tâche de compiler une encyclopédie en raison de sa condition délicate. Après s'être lancée à contrecœur dans cette entreprise, Phos rencontre Cinabre, une Gem intelligente reléguée à patrouiller seule sur l'île isolée la nuit à cause du poison corrosif que son corps crée. Voyant à quel point Cinabre est malheureuse, Phos décide de trouver un rôle qui plairait aux deux Gems rejetées. Houseki no Kuni suit les efforts de Phos pour être utile et protéger ses compagnons Gems.