Un jour, la classe 3-E de l'École Magique Kunugigaoka reçoit une mission spéciale : tuer leur professeur principal, le Roi Démon Koro-sensei. Afin d'augmenter leurs chances de succès, la classe part à la recherche des trois guerriers les plus puissants — Karma Akabane, Itona Horibe et Ritsu — qui rejoignent plus tard leur groupe. Même avec leur aide, accomplir la mission devient une tâche insurmon

Un jour, la classe 3-E de l'École Magique Kunugigaoka reçoit une mission spéciale : tuer leur professeur principal, le Roi Démon Koro-sensei. Afin d'augmenter leurs chances de succès, la classe part à la recherche des trois guerriers les plus puissants — Karma Akabane, Itona Horibe et Ritsu — qui rejoignent plus tard leur groupe. Même avec leur aide, accomplir la mission devient une tâche insurmontable car ils ne sont pas les seuls à vouloir la peau du Roi Démon. Koro-sensei Quest! raconte les aventures comiques de Nagisa Shiota et de la classe 3-E en tant qu'élèves magicals version chibi. Entraînés par leur propre cible, les élèves rencontrent des situations difficiles, mais hilarantes, tout au long de la périlleuse mission de vaincre le Roi Démon.