Narumi Katou est un homme d'âge mûr atteint du bizarre syndrome ZONAPHA : une maladie rare et inexplicable qui frappe ses victimes de crises sévères aléatoires, la seule guérison étant de regarder quelqu'un rire. Un jour, pendant son petit boulot, un jeune garçon avec une valise géante fuyant trois adultes le percute. Le garçon se présente comme Masaru Saiga, le nouveau propriétaire de la célèbre

Narumi Katou est un homme d'âge mûr atteint du bizarre syndrome ZONAPHA : une maladie rare et inexplicable qui frappe ses victimes de crises sévères aléatoires, la seule guérison étant de regarder quelqu'un rire. Un jour, pendant son petit boulot, un jeune garçon avec une valise géante fuyant trois adultes le percute. Le garçon se présente comme Masaru Saiga, le nouveau propriétaire de la célèbre Saiga Enterprises suite au récent décès de son père. Cependant, d'autres membres de sa famille tentent de l'assassiner pour s'emparer de la fortune. Déterminé à sauver l'enfant, Narumi aide Masaru à s'échapper et finit par combattre ses poursuivants, pour découvrir qu'il s'agit de marionnettes humanoïdes sensibles dotées d'une force surhumaine. Alors que Narumi est sur le point de perdre, une jeune fille aux cheveux blancs rejoint soudainement la mêlée et invoque avec agilité une autre marionnette de la valise du garçon, se présentant comme Shirogane, la gardienne de Masaru. Karakuri Circus suit trois personnes d'horizons différents dont les destins s'entremêlent et divergent alors qu'elles unravelent les mystères d'un ancien conte d'amour et de trahison, et de la longue et ancienne bataille entre les humains et les marionnettes.