Shintarou Kisaragi, un hikikomori reclus dans sa chambre depuis 2 ans, vivait une vie normale jusqu'à sa rencontre avec Ene, une cyber-fille apparue sur son écran d'ordinateur suite à un e-mail mystérieux envoyé anonymement un an plus tôt. Un jour, Ene s'amuse à bidouiller le PC de Shintaro, le forçant ainsi à sortir dehors pour la première fois depuis deux ans.