L'étudiant au lycée Misaki Takahashi rentre chez lui et surprend un homme inconnu en train de caresser son frère aîné. Troublé par une telle vision, Misaki découvre que l'étranger n'est autre qu'Akihiko Usami, un romancier populaire et le meilleur ami de son frère. Alors qu'ils commencent à faire connaissance, Akihiko se retrouve à être le tuteur particulier de Misaki. Cependant, après être tombé

L'étudiant au lycée Misaki Takahashi rentre chez lui et surprend un homme inconnu en train de caresser son frère aîné. Troublé par une telle vision, Misaki découvre que l'étranger n'est autre qu'Akihiko Usami, un romancier populaire et le meilleur ami de son frère. Alors qu'ils commencent à faire connaissance, Akihiko se retrouve à être le tuteur particulier de Misaki. Cependant, après être tombé sur le dernier roman de boys-love de l'auteur, Misaki ne sait plus s'il doit faire confiance à Akihiko concernant son amitié avec le frère de l'étudiant. Ailleurs, Hiroki Kamijou, un professeur d'université en littérature classique et ami d'Akihiko, pleure une romance ratée. Au bord de la crise de nerfs, il rencontre un étudiant, Nowaki Kusama, qui demande son aide pour un examen à venir. Malgré ses refus répétés de la demande de Nowaki, Hiroki finit par lui tendre la main. À mesure que les deux se rapprochent, de nouvelles révélations sur l'étudiant sont faites. De plus, lorsque le riche adolescent Shinobu Takatsuki découvre que sa sœur a divorcé de You Miyagi, un collègue de Hiroki, il veut immédiatement fréquenter le même homme, car celui-ci l'a sauvé d'un vol trois ans auparavant. Néanmoins, You ne partage pas les mêmes sentiments et tente de l'effrayer. Cependant, l'éducateur réalise bientôt que Shinobu est prêt à tout pour leur romance prédestinée. Junjou Romantica rassemble trois histoires d'amour, narrant la romance de chaque couple.