Kanenone Gakuen est un pensionnat exclusivement masculin situé à la campagne, au Japon. Bien qu'une école pour garçons ne soit pas nouvelle en soi, la vie peut devenir assez difficile lorsqu'il n'y a aucune étudiante à des kilomètres à la ronde. Afin de préserver la santé psychologique de tous, le conseil d'administration de l'école a décidé de tenter une fusion avec le pensionnat de filles le plu

Kanenone Gakuen est un pensionnat exclusivement masculin situé à la campagne, au Japon. Bien qu'une école pour garçons ne soit pas nouvelle en soi, la vie peut devenir assez difficile lorsqu'il n'y a aucune étudiante à des kilomètres à la ronde. Afin de préserver la santé psychologique de tous, le conseil d'administration de l'école a décidé de tenter une fusion avec le pensionnat de filles le plus proche pour devenir mixte. Les garçons de Kanenone sont plus que ravis à cette perspective, et les filles sont curieuses de voir à quel point la vie scolaire pourrait devenir intéressante avec plus de garçons aux alentours. Avant que des décisions sérieuses ne soient prises, les filles ont été invitées à séjourner à Kanenone pendant un mois à titre d'essai. Green Green suit Yuusuke Takazaki et ses camarades turbulents, surnommés le Trio Baka (Idiot), et leur capacité à parler aux filles sans se couvrir de ridicule. Mais dès l'arrivée du bus scolaire transportant les filles, les choses deviennent étranges, hormonales et hystériques. En particulier, une fille nommée Midori Chitose saute du bus et étreint immédiatement un Yuusuke très confus. Est-il un tombeur naturel, ou les deux partagent-ils une histoire commune dont il n'a pas conscience ?