Au bord de l'extinction à cause des « Aragami », une race de monstres dévorant tout, l'humanité mène son dernier combat dans des îlots de résistance isolés. Invulnérables aux attaques conventionnelles, seules les armes « Oracle Cell » – composées de la même matière que celle des Aragami – peuvent tuer ces créatures. Cependant, en raison de leur capacité divine à s'adapter, les Aragami développent

Au bord de l'extinction à cause des « Aragami », une race de monstres dévorant tout, l'humanité mène son dernier combat dans des îlots de résistance isolés. Invulnérables aux attaques conventionnelles, seules les armes « Oracle Cell » – composées de la même matière que celle des Aragami – peuvent tuer ces créatures. Cependant, en raison de leur capacité divine à s'adapter, les Aragami développent bientôt une immunité accrue. N'ayant plus aucun espoir de repousser l'ennemi, les restes des gouvernements humains décident de faire exploser un réacteur nucléaire et d'anéantir les monstres qui menacent l'Eurasie. Les soldats chargés de cette mission sont aidés par trois « God Eaters » dépêchés de la branche Fenrir de l'Extrême-Orient, une organisation contrôlant ce qu'il reste du Japon. Les armes de pointe qu'ils manient, appelées God Arcs, sont censées être capables de percer la peau des Aragami et d'en arracher les noyaux, pulvérisant ainsi les monstres. Ces puissants guerriers pourraient bien être le dernier espoir de l'humanité pour repousser la menace des Aragami et éviter l'extinction totale.