Kanji Sasahara, un étudiant fraîchement débarqué à l'université, est un jeune homme introverti à la recherche d'un lieu où il pourrait enfin s'intégrer. Un jour, il tombe par hasard sur un club pas comme les autres, le Club d'étude de la culture visuelle moderne – plus connu sous le nom de Genshiken – dont le but est de rassembler toutes les facettes de la culture otaku. Sa première visite au club

Kanji Sasahara, un étudiant fraîchement débarqué à l'université, est un jeune homme introverti à la recherche d'un lieu où il pourrait enfin s'intégrer. Un jour, il tombe par hasard sur un club pas comme les autres, le Club d'étude de la culture visuelle moderne – plus connu sous le nom de Genshiken – dont le but est de rassembler toutes les facettes de la culture otaku. Sa première visite au club ne se passe toutefois pas comme prévu : Sasahara voit sa fierté mise à mal par un membre plus âgé, Harunobu Madarame, et quitte la réunion dans un déni total de sa nature otaku. Mais après s'être lié d'amitié avec Makoto Kousaka, un membre du club qui, malgré son apparence, se révèle être un otaku invétéré, Sasahara s'implique de plus en plus dans les activités du club, qui incluent l'obsession pour leurs animes préférés, la lecture de doujinshi et la participation à des conventions. C'est là qu'il rencontre d'autres personnages intéressants comme Saki Kasukabe, la petite amie de Kousaka farouchement opposée à la culture otaku, qui s'efforce de transformer son petit ami en un « homme normal ». Alors que Saki peine à comprendre la culture otaku et l'amour que son petit ami lui porte, Sasahara se surprend à apprécier son temps au Genshiken, abandonnant peu à peu tout déni quant à sa nature otaku et s'immergeant dans un style de vie otaku.