Un enfer technologique se faisant passer pour un paradis, l'Académie Tsukimihara est un lycée artificiel qui sert de décor à la prochaine Guerre du Saint Graal. Créée par l'ordinateur Moon Cell, l'école est habitée par des âmes projetées sur Terre ayant la moindre aptitude pour être un « Maître ». Parmi ces 256 âmes, 128 seront choisies pour le tournoi principal et se verront accorder un Servant.

Un enfer technologique se faisant passer pour un paradis, l'Académie Tsukimihara est un lycée artificiel qui sert de décor à la prochaine Guerre du Saint Graal. Créée par l'ordinateur Moon Cell, l'école est habitée par des âmes projetées sur Terre ayant la moindre aptitude pour être un « Maître ». Parmi ces 256 âmes, 128 seront choisies pour le tournoi principal et se verront accorder un Servant. Tous les Maîtres ayant été sélectionnés, l'Académie déclenche une purge, ciblant les formes de vie restantes pour les éliminer. Se réveillant dans une mare de son propre sang, Hakuno Kishinami refuse de mourir. Poussé par des sentiments de haine inconnus, il jure de se battre pour survivre. Alors qu'il lutte pour échapper à un poursuivant implacable, il trouve une lame écarlate plantée dans le sol ; en la retirant, Hakuno invoque son propre Servant, Saber, qui détruit instantanément son poursuivant dans une gerbe de pétales de rose. Fort de son nouveau pouvoir, Hakuno doit maintenant entamer son voyage vers le cœur de Moon Cell, l'Angelica Cage. Là, il dévoilera la raison de ce monde artificiel et les secrets de son propre passé ensanglanté.