Les « Toys » sont des pouvoirs conférés à ceux qui sont choisis pour les manier, chacun possédant des qualités uniques à leurs utilisateurs. Certains de ces individus naissent purs, utilisant leurs pouvoirs pour devenir des détectives. D'autres, imprégnés de poison, choisissent de devenir des cambrioleurs fantômes. Ces deux factions opposées ont conduit à la création de diverses académies de détec

Les « Toys » sont des pouvoirs conférés à ceux qui sont choisis pour les manier, chacun possédant des qualités uniques à leurs utilisateurs. Certains de ces individus naissent purs, utilisant leurs pouvoirs pour devenir des détectives. D'autres, imprégnés de poison, choisissent de devenir des cambrioleurs fantômes. Ces deux factions opposées ont conduit à la création de diverses académies de détective à travers le monde, formant des détectives pour combattre et attraper les cambrioleurs fantômes. Sherlock Shellingford, Nero Yuzurizaki, Hercule Burton et Cordelia Glauca forment « Milky Holmes », un groupe reconnu comme l'élite de l'Académie de Détective Holmes, basée à Yokohama. Cependant, lors d'une escarmouche contre le cambrioleur fantôme Arsène, leurs Toys disparaissent soudainement, les jugeant inaptes à continuer en tant que détectives. Privés de leur vie prestigieuse et jetés dans un grenier délabré, ils risquent l'expulsion s'ils ne parviennent pas à retrouver leurs pouvoirs dans les trois prochains mois. Tantei Opera Milky Holmes raconte l'histoire d'un groupe autrefois légendaire dans son parcours pour récupérer ses Toys, tout en tentant de poursuivre leur travail sans les pouvoirs qui définissaient autrefois leur carrière.