Après que Makoto Naegi et ses compagnons survivants aient fui l'Académie Kibōgamine pour le monde extérieur, ils rejoignent bientôt la Future Foundation, une organisation dédiée à la lutte contre le désespoir. Alors que tout semble s'arranger, Naegi est arrêté et jugé pour trahison pour avoir défendu un groupe malveillant de Remnants of Despair. Debout devant tous les dirigeants de la Future Found

Après que Makoto Naegi et ses compagnons survivants aient fui l'Académie Kibōgamine pour le monde extérieur, ils rejoignent bientôt la Future Foundation, une organisation dédiée à la lutte contre le désespoir. Alors que tout semble s'arranger, Naegi est arrêté et jugé pour trahison pour avoir défendu un groupe malveillant de Remnants of Despair. Debout devant tous les dirigeants de la Future Foundation, il se retrouve, ainsi que Kyouko Kirigiri et Aoi Asahina, face à un destin inconnu. La situation ne fait qu'empirer lorsque la sécurité apparemment inviolable de l'organisation est piratée par un visage familier : Monokuma. À l'horreur de Naegi, l'ours mécanique annonce immédiatement le début d'un nouveau jeu meurtrier, car quelques instants plus tard, la première victime apparaît comme un signe du retour de la conquête brutale du désespoir. Naegi, le lycéen Ultime au Talent de Chance, doit une fois de plus percer le mystère alors que ses collègues et amis tombent autour de lui. Cependant, il n'y a plus d'épreuves de classe ; parmi les 16 participants désespérés, il n'y a qu'un seul tueur, et sa mort signifie la fin de ce jeu infernal.