Dans un monde recouvert par une mer de sable infinie, navigue une île connue sous le nom de Baleine de boue. En son intérieur se trouve une ville ancienne, dont la majorité des habitants sont dits « Marqués », un trait à double tranchant qui leur confère des capacités surnaturelles au prix d'une mort prématurée. Chakuro est l'archiviste du village ; jeune et curieux, il passe son temps à documente

Dans un monde recouvert par une mer de sable infinie, navigue une île connue sous le nom de Baleine de boue. En son intérieur se trouve une ville ancienne, dont la majorité des habitants sont dits « Marqués », un trait à double tranchant qui leur confère des capacités surnaturelles au prix d'une mort prématurée. Chakuro est l'archiviste du village ; jeune et curieux, il passe son temps à documenter la découverte de nouvelles îles. Mais chacune est comme les autres — abandonnée, à l'exception des vestiges de ceux qui y ont vécu autrefois. Pour la première fois en six mois, une autre île se profile à l'horizon, alors Chakuro et ses amis rejoignent le groupe d'éclaireurs. Pendant l'expédition, ils découvrent les vestiges d'une civilisation archaïque. Et à l'intérieur d'un de ses restes en ruine, Chakuro découvre une fille qui changera son destin et le monde à l'intérieur de la Baleine de boue tel qu'il le connaît.