À l'asile d'Arkham, Batman affronte Gorilla Grodd tout en essayant de détruire la dernière invention de Grodd : le Quake Engine. Au milieu du chaos, le moteur s'active et tout l'asile disparaît soudainement dans les airs, Batman avec lui. Une fois la poussière retombée, Batman se retrouve au milieu d'une route inconnue. Il réalise bientôt qu'il n'est plus à Gotham City, mais au Japon féodal ! L'é

À l'asile d'Arkham, Batman affronte Gorilla Grodd tout en essayant de détruire la dernière invention de Grodd : le Quake Engine. Au milieu du chaos, le moteur s'active et tout l'asile disparaît soudainement dans les airs, Batman avec lui. Une fois la poussière retombée, Batman se retrouve au milieu d'une route inconnue. Il réalise bientôt qu'il n'est plus à Gotham City, mais au Japon féodal ! L'étonnement s'estompe rapidement alors que des samouraïs descendent sur lui, cherchant à lui ôter la vie. Plus tard, l'enquête de Batman le conduit à découvrir que le responsable de l'ordre de tuer n'est autre que son ennemi juré, le Joker. Suite à une rencontre avec Catwoman, il apprend que les criminels de l'asile s'étaient téléportés là deux ans plus tôt, chacun régnant sur une partie du Japon, le Joker étant le seigneur de guerre dominant. Pour rentrer chez lui, Batman doit réactiver le Quake Engine, situé dans les vestiges de l'asile, désormais connu sous le nom de Château d'Arkham. Cependant, il y a un problème : hormis sa ceinture utilitaire, l'arsenal qui était autrefois à sa disposition a presque entièrement disparu. Ninja Batman suit le Chevalier Noir alors qu'il traverse un nouvel environnement étrange, affrontant des ennemis familiers dans le but de retourner à Gotham en un seul morceau.