Le monde a été divisé en deux par un mur géant afin d'empêcher l'épidémie de la « Brume noire ». Pour y abriter les réfugiés, des villes artificielles appelées « Arches » ont été construites. Shido Enishi est un détective privé qui travaille à la neuvième Arche. Un jour, on lui demande d'arrêter un cambrioleur. Une affaire qui semblait simple le mènera à une vaste conspiration.