Après avoir obtenu le bandeau « Numéro Un », qui le proclame meilleur guerrier de tous, Afro passe le plus clair de ses journées en paix, bien que ses nuits remplies de cauchemars ne soient pas aussi tranquilles. Sa vie bascule à nouveau dans le chaos lorsque Jinno et Sio, ses anciens amis, lui dérobent le bandeau, ainsi que les restes de son père. Provoqué par Sio à revêtir à nouveau le bandeau «

Après avoir obtenu le bandeau « Numéro Un », qui le proclame meilleur guerrier de tous, Afro passe le plus clair de ses journées en paix, bien que ses nuits remplies de cauchemars ne soient pas aussi tranquilles. Sa vie bascule à nouveau dans le chaos lorsque Jinno et Sio, ses anciens amis, lui dérobent le bandeau, ainsi que les restes de son père. Provoqué par Sio à revêtir à nouveau le bandeau « Numéro Deux » et à leur infliger une vengeance pour leurs actes, Afro entreprend un nouveau voyage en tant que porteur dudit bandeau – un objet pour lequel n'importe qui le tuerait. Afro Samurai: Resurrection suit Afro alors qu'il mène une deuxième série de combats contre toutes sortes d'ennemis, pataugeant dans la mer de cadavres sur son passage afin d'étancher une fois de plus sa soif inextinguible de vengeance.