Haruto Kirishima menait une vie paisible à la campagne, loin du rythme effréné de la ville. Puis Yuzuki Eba apparut dans sa vie, venue de Tokyo pour vivre temporairement avec sa famille. Leur temps passé ensemble le laissa épris des souvenirs de cette courte période avant qu'elle ne disparaisse aussi abruptement qu'elle était apparue, le laissant plein de questions. Kimi no Iru Machi commence que

Haruto Kirishima menait une vie paisible à la campagne, loin du rythme effréné de la ville. Puis Yuzuki Eba apparut dans sa vie, venue de Tokyo pour vivre temporairement avec sa famille. Leur temps passé ensemble le laissa épris des souvenirs de cette courte période avant qu'elle ne disparaisse aussi abruptement qu'elle était apparue, le laissant plein de questions. Kimi no Iru Machi commence quelque temps plus tard, après qu'Haruto a déménagé à Tokyo pour vivre avec sa sœur, dans le but de devenir cuisinier. En réalité, il souhaite retrouver Yuzuki. Les choses ne commencent pas bien cependant. À son arrivée, il est pris pour un cambrioleur et attaqué par Mishima Asuka, la voisine de sa sœur. Une fois le malentendu dissipé, ses sentiments commencent à vaciller. Est-ce Eba, qui l'évite apparemment sans raison, qui est la bonne personne pour lui, ou bien Asuka ?