En 2004, Optimus Prime est alerté d'un dérangement aux portes d'Autobot City : une force de Decepticons menée par un nouvel ennemi vicieux, un Tyrannosaurus rex qui se nomme lui-même Megatron ! Les Autobots et les Decepticons de toutes les époques convergent en ce temps pour s'affronter autour de la source d'énergie nouvellement découverte, le solitarium !