Après avoir conquis la galaxie, l'humanité a atteint son apogée et entame un lent déclin. Les ressources de l'univers s'amenuisent et près de 500 milliards d'humains retournent sur Terre. S'ensuit alors une guerre entre les différentes factions humaines pour le contrôle de la planète. Finalement, un gouvernement autoritaire connu sous le nom de « Gaia Sanction » empêche le repeuplement de la Terre

Après avoir conquis la galaxie, l'humanité a atteint son apogée et entame un lent déclin. Les ressources de l'univers s'amenuisent et près de 500 milliards d'humains retournent sur Terre. S'ensuit alors une guerre entre les différentes factions humaines pour le contrôle de la planète. Finalement, un gouvernement autoritaire connu sous le nom de « Gaia Sanction » empêche le repeuplement de la Terre. Le Capitaine Herlock, membre des « Elite Wing », fut chargé par la Gaia Sanction de défendre la Terre. Sa flotte de vaisseaux était inarrêtable sous son commandement. Cependant, la Gaia Sanction autorise une élite diplomatique à immigrer sur Terre, ce qui met Herlock en colère. Il se rebelle et ouvre le feu sur les diplomates et le reste de sa flotte. Il décide de déclencher la matière noire sur la planète pour la rendre inhabitable, mais il est lui-même englouti, ce qui l'immortalise. Cent ans ont passé, et le légendaire Capitaine Herlock est toujours en liberté, avec pour seul allié l'Arcadia sous son contrôle. La Gaia Sanction poursuit ses plans de contrôle de la Terre, tout en cachant son véritable état. Mais le Capitaine Herlock se prépare pour un dernier affrontement qui déterminera le destin du monde !