En 1600, sur le champ de bataille embrumé de Sekigahara, deux épéistes hors norme livraient un combat acharné. L'un était Kyoushirou Mibu, un guerrier noble et talentueux, détenteur des pouvoirs uniques du clan Mibu. L'autre était le tueur de mille hommes, aux yeux et aux cheveux couleur de sang, « Kyô aux Yeux de Démon ». Leur affrontement légendaire fut interrompu par la chute d'une météorite du

En 1600, sur le champ de bataille embrumé de Sekigahara, deux épéistes hors norme livraient un combat acharné. L'un était Kyoushirou Mibu, un guerrier noble et talentueux, détenteur des pouvoirs uniques du clan Mibu. L'autre était le tueur de mille hommes, aux yeux et aux cheveux couleur de sang, « Kyô aux Yeux de Démon ». Leur affrontement légendaire fut interrompu par la chute d'une météorite du ciel sur ce même champ de bataille, les faisant disparaître tous les deux. *Samurai Deeper Kyou* débute quatre ans après cette bataille, lorsqu'une chasseuse de primes maniant le pistolet, nommée Yuya Shiina, traque Kyoushirou – devenu un charlatan ambulant et pervers qui a accumulé une énorme dette. Alors qu'elle est en chemin pour réclamer sa prime, ils sont attaqués par un monstre inhumain qui cherche à dévorer Kyoushirou. Cette rencontre réveille « Kyô aux Yeux de Démon », dont l'esprit était prisonnier du corps de Kyoushirou depuis cette bataille fatidique. Commence ainsi une grande épopée sur deux épéistes légendaires et la découverte de leurs secrets.