En l'an 2025, des automates baptisés les Kikou font soudainement leur apparition et attaquent les êtres humains, laissant de nombreuses villes complètement dévastées. La civilisation humaine est en ruines, mais des débris d'un Kikou sont alors découverts au Japon. Un centre de recherche nommé Tokyo Kikou Institute (Toukigen) est établi pour étudier l'armement des Kikou. Suivant le proverbe « vainc

En l'an 2025, des automates baptisés les Kikou font soudainement leur apparition et attaquent les êtres humains, laissant de nombreuses villes complètement dévastées. La civilisation humaine est en ruines, mais des débris d'un Kikou sont alors découverts au Japon. Un centre de recherche nommé Tokyo Kikou Institute (Toukigen) est établi pour étudier l'armement des Kikou. Suivant le proverbe « vaincre le mal par le mal », utiliser des Kikou pour vaincre des Kikou semble être le dernier espoir de l'humanité. Neuf ans plus tard, une nouvelle arme nommée le Muttsu est créée à partir des recherches et est presque prête à être utilisée en combat réel. Un garçon, Rin Sagami, et une fille, Yuzuru Midou, sont choisis pour piloter le Muttsu. Ils se voient confier les espoirs de l'avenir de l'humanité, mais ils affrontent leur mission avec courage. Cependant, un destin cruel attend les deux jeunes gens.