Les Pokémon sont des créatures merveilleuses de toutes formes et tailles, dotées de capacités, de pouvoirs et de personnalités aussi diverses que nombreuses. Le Docteur Yukinari Ookido a consacré sa vie à l'étude de ces êtres fascinants, qui peuvent être capturés, entraînés, échangés et utilisés pour se battre les uns contre les autres. Cependant, il ne peut pas tout faire depuis son laboratoire.

Les Pokémon sont des créatures merveilleuses de toutes formes et tailles, dotées de capacités, de pouvoirs et de personnalités aussi diverses que nombreuses. Le Docteur Yukinari Ookido a consacré sa vie à l'étude de ces êtres fascinants, qui peuvent être capturés, entraînés, échangés et utilisés pour se battre les uns contre les autres. Cependant, il ne peut pas tout faire depuis son laboratoire. C'est pourquoi Ookido confie à deux jeunes garçons un Pokémon chacun ainsi qu'une encyclopédie informatisée pour les cataloguer. L'un d'eux, Green, est bruyant, passionné, légèrement arrogant, et le neveu du Docteur Ookido lui-même. L'autre garçon, Red, est tout aussi passionné, et déborde d'un émerveillement naïf. Pokémon : The Origin suit Red dans son voyage à travers la région de Kanto dans sa quête pour compléter son "Pokédex" en capturant et cataloguant tous les Pokémon qui existent. En chemin, il découvrira qu'il y a plus en lui et dans ses objectifs qu'il ne le pensait initialement. Red devra mettre à l'épreuve lui-même et ses Pokémon dans des Arènes spéciales dont les Champions sont des étapes sur le chemin de la Ligue Pokémon, afin de défier le Conseil 4 et de devenir un Champion de la Ligue Pokémon. Outre ses objectifs de devenir Champion, Red a d'autres problèmes qui se préparent. D'autres capturent et entraînent des Pokémon pour des raisons plus sinistres, l'infâme organisation criminelle Team Rocket étant l'une d'entre elles. Si Red parvient à les vaincre, ainsi que d'autres dresseurs, son rival Green et des Pokémon sauvages à travers Kanto, il pourrait bien réaliser son propre rêve, et celui du Docteur Ookido également.