Manmaru intègre l'école de ninjas de Nenga, où des renards et des ratons laveurs étudient l'art de l'assassinat sous la tutelle d'un maître ninja ours. Il se retrouve rapidement plongé dans la rivalité locale opposant l'école Nenga, les Koga (singes) et les Iga (chiens), tout en faisant face aux tentations du Dobe, un groupe d'exclus de Nenga.