Silencieux, apathique, mais espiègle, le jeune Rokujou Miharu, 14 ans, est le détenteur du hijutsu « Shinrabanshou », une technique surpuissante convoitée par de nombreux clans ninja désireux de régner sur Nabari. Son camarade de classe, Kouichi Aizawa, et son professeur d'anglais, Thobari Durandal Kumohira, sont tous deux secrètement des ninjas du clan Banten, jurant de protéger Miharu de ses nom

Silencieux, apathique, mais espiègle, le jeune Rokujou Miharu, 14 ans, est le détenteur du hijutsu « Shinrabanshou », une technique surpuissante convoitée par de nombreux clans ninja désireux de régner sur Nabari. Son camarade de classe, Kouichi Aizawa, et son professeur d'anglais, Thobari Durandal Kumohira, sont tous deux secrètement des ninjas du clan Banten, jurant de protéger Miharu de ses nombreux assaillants. Toujours apathique, Miharu tente de refuser leur invitation à rejoindre leur « club » de ninjas. Cependant, après de multiples attaques, il se voit contraint de les rejoindre pour survivre. Lentement, Miharu se rapproche de son destin : devenir le dirigeant de Nabari.