Lamune raconte l'histoire de Kenji et de son amie d'enfance Nanami. Bien que tout le monde semble connaître leur relation, aucun des deux n'est déterminé à aller plus loin que de simples amis. L'histoire se déroule à travers des flashbacks, expliquant pourquoi ils sont si proches et pourquoi aucune action ne semble les séparer, mais plutôt les rapprocher.