Kei Narutani et son amie d'enfance, Song Minghua, sont des réfugiés chinois fuyant les Zai, une organisation mystérieuse qui terrorise sans distinction leur pays et sa population. Heureusement, pendant leur fuite vers le Japon, ils sont sauvés par un étrange appareil volant rouge. La fascination de Kei pour cet appareil le mène à rencontrer sa sauveuse : une fille qui est une « Anima », le pilote

Kei Narutani et son amie d'enfance, Song Minghua, sont des réfugiés chinois fuyant les Zai, une organisation mystérieuse qui terrorise sans distinction leur pays et sa population. Heureusement, pendant leur fuite vers le Japon, ils sont sauvés par un étrange appareil volant rouge. La fascination de Kei pour cet appareil le mène à rencontrer sa sauveuse : une fille qui est une « Anima », le pilote d'un type d'avion unique appelé « Daughter ». La jeune fille se fait appeler Gripen, un adorable avion de chasse JAS-39F. Kei développe un lien avec Gripen et est ensuite recruté par les Forces d'autodéfense japonaises pour aider Gripen à surmonter ses problèmes de vol. Rejoints plus tard par Eagle, un F-15J-ANM insouciant, et Phantom, un fier RF-4EJ-ANM, l'escadron prend les armes, déterminé à protéger l'humanité. Ensemble, les cinq individus combattent les envahisseurs Zai, formant la dernière ligne de défense contre cette force extraterrestre menaçante.