Futarigurashi suit Kenji Aoyama, un aspirant mangaka d'eroge. Afin de payer son loyer, le jeune frère de son ami, Hikari Satou, propose de devenir son colocataire. Cependant, il s'avère que « il » est en réalité une fille à presque tous les égards ! La série tourne autour des diverses rencontres entre Kenji et Hikari avec différentes femmes.