Après un match de football, six enfants jouent chez eux à un jeu vidéo d'apparence mignon et rappelant les RPG. L'un d'eux a marqué le but de la victoire, un autre était le gardien qui a manqué le ballon de peu, et les autres formaient deux groupes de deux qui encourageaient leurs équipes respectives. Soudain, alors qu'ils battent un boss, une chose étrange apparaît devant eux, et ils sont aspirés

Après un match de football, six enfants jouent chez eux à un jeu vidéo d'apparence mignon et rappelant les RPG. L'un d'eux a marqué le but de la victoire, un autre était le gardien qui a manqué le ballon de peu, et les autres formaient deux groupes de deux qui encourageaient leurs équipes respectives. Soudain, alors qu'ils battent un boss, une chose étrange apparaît devant eux, et ils sont aspirés dans le monde du jeu ! Tomoru (l'attaquant), Mio et Dai se retrouvent avec le Professeur Galiléo, qui leur révèle qu'il est le créateur de ce jeu, Eureka, dans lequel ils se sont retrouvés, mais qu'il y a été aspiré par inadvertance lui aussi. Pour retourner dans leur monde, ils doivent accomplir des missions qui apparaissent dans certaines zones du monde. Ainsi, lorsqu'une mission se présente, Tomoru et sa bande obligent le professeur à les accompagner. En arrivant dans la zone C-1, ils découvrent qu'ils ont non seulement une mission, mais aussi un groupe rival ! Le professeur rival a amené avec lui leurs rivaux du match de football : Yukio, Suzuka et Kouta ! Leur mission, bien sûr, est scientifique. D'abord, l'ordinateur explique la formation de la foudre, puis ils doivent trouver un moyen d'arrêter la foudre pour accomplir la mission ! Tomoru et ses amis parviennent à le faire et obtiennent une Pierre Eureka, leur permettant de retourner dans leur monde ! Sauf que... la porte de retour nécessite en réalité dix Pierres Eureka au total avant de s'ouvrir ! Il semble qu'il y ait beaucoup de sciences à apprendre et de missions à accomplir avant qu'ils ne puissent rentrer chez eux.