Le Japon est secrètement contrôlé par un groupe tyrannique de ninjas, les Shinogara. Leur meilleur assassin est un homme nommé Hayate Kanuma, dont le père dirige les Shinogara. Hayate, cependant, sait que le contrôle de la société secrète sur le Japon est maléfique. Sacrifiant sa propre sécurité, Hayate tue son père. Il est maintenant en fuite, n'ayant presque plus aucun endroit sûr où se cacher

Le Japon est secrètement contrôlé par un groupe tyrannique de ninjas, les Shinogara. Leur meilleur assassin est un homme nommé Hayate Kanuma, dont le père dirige les Shinogara. Hayate, cependant, sait que le contrôle de la société secrète sur le Japon est maléfique. Sacrifiant sa propre sécurité, Hayate tue son père. Il est maintenant en fuite, n'ayant presque plus aucun endroit sûr où se cacher de ses anciens camarades vengeurs, à l'exception peut-être du seul refuge qu'il choisit : sa sœur. Après avoir été potentiellement mortellement blessé, Hayate parvient à transférer son âme dans le corps de sa sœur, le partageant temporairement avec elle. Sa sœur, Shiori, peut réveiller Hayate et faire appel à ses capacités de ninja lorsque les Shinogara sont à portée, mais à chaque fois qu'elle le fait, une partie d'elle-même disparaît. Cet arrangement ne peut pas durer éternellement, alors comment Hayate va-t-il finalement vaincre les Shinogara ?